zaaReloaded2/README.md

Technische Informationen
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Das Addin dient zur Umformatierung von Laborwerten in Arztbriefen. Es
analysiert die Ausgabe von Lauris in der Zentralen Arztbriefablage, die
typischerweise so aussieht:

    [20.06.2015 16:46:00]
    Klinische Chemie: Natrium: 139 [135 - 145] mmol/l;  Kalium: 5.2 [3.5 - 5] mmol/l;  Calcium:
        2.4 [2.0 - 2.7] mmol/l;  anorg. Phosphat: 0.58 [0.87 - 1.45] mmol/l;
         Calcium-Phosphat-Produkt: 1.39 [<= 4.4] mmol²/l²;  Glucose: 112 [74 - 106] mg/dl;
         glomerul. Filtrationsr. CKD-EP: 42 ml/min /1,73qm;  glomerul. Filtrationsr. (MDRD): 42
        ml/min /1,73qm;  Creatinin: 1.84 [0 - 1.17] mg/dl;  Harnstoff: 54.3 [10 - 50] mg/dl;
         Harnsäure: 4.6 [3.4 - 7] mg/dl;  Gesamt-Bilirubin: 0.7 [0.1 - 1.2] mg/dl;  GOT (ASAT):
        303.0 [<= 50] U/l;  GPT (ALAT): 508.0 [<= 50] U/l;  GGT: 489.0 [<= 60] U/l;  Alk.
        Phosphatase: 56 [40 - 130] U/l;  Lactat Dehydrogenase: 320 [<= 250] U/l;  CK gesamt: 52 [<=
        190] U/l;  Amylase: 62 [<= 110] U/l;  Cholesterin: 120 [130 - 220] mg/dl;  Triglyceride: 94
        [74 - 172] mg/dl;  LDL - Cholesterin: 56 [0 - 150] mg/dl;  HDL - Cholesterin: 45 [>= 35]
        mg/dl;  Eisen: 215 [59 - 158] µg/dl;  Gesamt-Eiweiss: 5.7 [6.6 - 8.7] g/dl;  Albumin: 4.0
        [3.5 - 5.5] g/dl;
    Gerinnung: Niedermol. Heparin (Anti-Xa): 0.99 U/ml;

Und so weiter, es gibt noch mehr Variationen.


## Programmteile

Im Sinne einer _separation of concerns_ ist die Programmlogik in
folgende Teile aufgeteilt:

  - __Labor-Modell:__ Im Namensraum `zaaReloaded2.LabModel` sind Klassen
    gruppiert, die einen Laborwert abbilden
    (`zaaReloaded2.LabModel.LabItem`), die die Laborwerte eines Auftrags
    (der zu einem bestimmten Zeitpunkt eingelesen wurde) sammeln
    (`zaaReloaded2.LabModel.TimePoint`), und schließlich eine Klasse
    `zaaReloaded2.LabModel.Laboratory`, die die Aufträge (`TimePoint`s)
    sammelt. Jeder Laborwert kann mit Hilfe eines Wörterbuchs (s.u.)
    einen kanonischen Namen erhalten (z.B. "Na" für "Natrium"), über den
    dieser Wert dann angesprochen wird. Die einzelnen
    Aufträge/Zeitpunkte werden über `DateTime`-Strukturen angesprochen.
  - __Import:__ Im Namensraum `zaaReloaded2.Importer` befindet sich eine
    Interface-Definition (`zaaReloaded2.Importer.IImporter`), die
    zentrale Eigenschaften von Importer-Klassen definiert. Der Namensraum
    `zaaReloaded2.Importer.ZaaImporter` enthält Klassen, die den Import
    einer Lauris-Ausgabe aus einem ZAA-Arztbrief erledigen.
  - __Formatierung und Ausgabe:__ Der Namensraum
    `zaaReloaded2.Formatter` versammelt Klassen, die vom Benutzer
    eingegebene Steuerbefehle auswerten und die Formatierung der
    Laborwerte erledigen. Durch die Verwendung von Steuerbefehlen können
    leicht verschiedene Ausgabeformate erstellt werden, z.B. eines für
    die Station und eines für die Ambulanz. Zur Formatierung und Ausgabe
    existieren verschiedene Klassen, die die Klassen des Labor-Modells
    (`zaaReloaded2.LabModel`) umschließen und um entsprechende
    Funktionalitäten erweitern.


## Parsen der Lauris-Ausgabe

Die Lauris-Ausgabe wird in folgende Einheiten aufgetrennt:

  - __Datumsblöcke:__ Die Klasse `zaaReloaded2.Models.TimePoint` enthält
    alles, was unterhalb der Datumszeile `[20.06.2015 16:46:00]` steht.
  - __Kategorieblöcke:__ Die Klasse
    `zaaReloaded2.Models.LaurisParagraph` analysiert einen ganzen
    Laborblock wie z.B. `Klinische Chemie` oder `Gerinnung` und trennt
    ihn anhand der Semikolons, um daraus eine Sammlung von `LabItems` zu
    bilden.
  - __Parameter:__ Die Klasse `zaaReloaded2.Models.LabItem` analysiert
    einen einzelnen Parameter-String der Form `Natrium: 138 [135 - 145]
    mmol/l` usw.  und stellt die einzelnen Bestandteile in
    strukturierter Form zur Verfügung.


## Kanonische Namen, Materialarten, Thesauri

Die Bezeichnungen für einzelne Parameter und Einheiten sind bei Lauris
teilweise etwas unglücklich. Beispielsweise wird `glomerul.
Filtrationsr. CKD-EP` wohl kaum im klinischen Alltag verwendet, und auch
`Lactat Dehydrogenase` ist etwas ungewöhnlich, weil alle immer `LDH`
sagen und schreiben. Die Einheit `ml/min /1,73qm` enthält ein
Leerzeichen zuviel und das veraltete "qm" und sollte besser `ml/min/1,73
m²` geschrieben werden.

Aus diesem Grunde werden anpassbare Thesauri verwendet, die
Parameternamen in "kanonische" (CanonicalName) und Lauris-Einheiten in
wirklichkeitsnähere, typographisch korrekte Einheiten übersetzen:

  - `zaaReloaded2.Thesaurus.Parameters`
  - `zaaReloaded2.Thesaurus.Units`

Beide Thesaurus-Typen laden zunächst eingebaute Default-Werte aus der
Assembly und suchen dann nach Anpassungen auf Benutzerebene.


### Material

Im Thesaurus `Parameters` wird für jeden Parameter neben dem Kanonischen
Namen auch hinterlegt, aus welchem Material er bestimmt wird. Beim
Parsen der Lauris-Ausgabe wird festgelegt, um welches Material es sich
handelt. Auf diese Weise wird ermöglicht, bei der späteren Ausgabe mit
einfacher Notation z.B. zwischen Serum-Natrium (`S-Na`) und
Urin-Natrium (`U-Na`) bzw.  Sammelurin-Natrium (`SU-Na`) zu
unterscheiden.

Die Materialien sind in der Enumeration `zaaReloaded2.Models.Materials`
definiert.


### Textdateien zur Konfiguration

Um Anpassungen zu erleichtern und nicht jedes Mal eine neue Version der
Binärdateien zu erfordern, werden für die Thesauri einfache
Textdateien verwendet.

  - Datensätze in Zeilen
  - Felder in durch Leerzeichen getrennten Zeilen
  - Leerzeichen in Werten erfordern Anführungstriche (Bsp. s.u.)
  - Drei Trennstriche `---` markieren ein leeres Feld.
  - Alles nach einer Raute `#` wird ignoriert
  - Leere Zeilen werden ignoriert


### Parameters

Der Thesaurus `Parameters` wird aus einer Textdatei folgenden Formats
generiert:

    # LAURIS-NAME                      "KANONISCHER NAME"   MATERIAL   "IMMER REFERENZBEREICH"
    "Lactat Dehydrogenase"             LDH                  S
    "Cystatin C"                       ---                  S           X
    "glomerul.  Filtrationsr. CKD-EP"  "eGFR (CKD-EPI)"     S

Das Feld `MATERIAL` muß ein Material-Kürzel enthalten (zu Materialien
siehe oben). Die Material-Kürzel sind fest einprogrammiert (s.o.). Wenn
kein Material angegeben ist (in der Spalte also gar nichts steht oder
`---`), wird _Serum_ angenommen, weil das das häufigste ist.

Wenn `IMMER REFERENZBEREICH` leer ist, wird "nein" angenommen. Alles
andere wie z.B. `X` bedeutet "ja".

Die drei Trennstriche `---` in der Zeile "Cystacin C" bedeuten, daß
zaaReloaded2 den Lauris-Namen als kanonischen Namen verwenden soll.


### Units

Der Thesaurus `Units` wird aus einer Textdatei folgenden Formats
generiert:

    # LAURIS-EINHEIT   "KANONISCHE EINHEIT"
    ml/min /1,73qm     ml/min/1,73 m²

Wenn eine Lauris-Einheit nicht in dieser Tabelle enthalten ist, wird sie
so, wie sie ist, für die Ausgabe von zaaReloaded2 verwendet.


## Referenzbereiche

Wenn bei jedem Laborparameter die Referenzbereiche angegeben werden,
wird die Ausgabe unübersichtlich -- siehe Lauris. Viele Laborparameter
haben Standard-Referenzbereiche, die sich zwischen den Laboren nicht
oder nur geringfügig unterscheiden (bspw. Hämoglobin).

zaaReloaded2 kann so konfiguriert werden, daß Referenzbereiche entweder
nie, nur bei gesondert markierten Parametern, bei gesondert markierten
oder nicht-normalen Parametern oder immer mit ausgegeben werden:

  - nie
  - besondere Parameter (z.B. Cystatin C, wo viele den Referenzbereich
    nicht kennen dürften)
  - besondere Parameter + nicht-normale Parameter
  - immer

Die Markierung besonderer Parameter erfolgt in der Textdatei, aus der
das `zaaReloaded2.Thesaurus.Parameters` generiert wird (s.o.).


## Serialisierung

Um das Stil-Repositorium (`zaaReloaded2.Controller.SettingsRepository`)
in den Assembly-Properties speichern zu können und für den Im- und
Export von Stilen werden die in .NET eingebauten
Serialisierungs-Strukturen genutzt. Weil es mit der Verwendung eines
`XmlSerializer`s Probleme gab, weil der `XmlSerializer` nicht mit
Interface-Eigenschaften umgehen kann, wurde zunächst für alle Klassen,
die serialisiert werden müssen (`SettingsRepository`,
`zaaReloaded2.Controller.Settings` und die von
`zaaReloaded2.Controller.Elements.ElementBase` abgeleiteten Klassen) das
Interface `ISerializable` implementiert. Das hat aber auch nicht dazu
geführt, daß der `XmlSerializer` die Klassen serialisierte, so daß
jetzt der `SoapFormatter` verwendet wird. Der stört sich nicht an
Interface-Eigenschaften und produziert auch XML, wenngleich im etwas
komplizierten [SOAP][]-Format.

Um das `SettingsRepository` in den Assembly-Properties zu persistieren,
muß das serialisierte XML noch in einen Base64-kodierten String
umgewandelt werden, damit das SOAP-XML nicht mit dem XML der
Assembly-Properties ins Gehege kommt (siehe
`zaaReloaded2.Controller.SettingsRepository.Load()` und
`zaaReloaded2.Controller.SettingsRepository.Store()`).

[SOAP]: http://de.wikipedia.org/wiki/SOAP

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