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README.md | ||
zaaReloaded2.sln |
Technische Informationen
Das Addin dient zur Umformatierung von Laborwerten in Arztbriefen. Es analysiert die Ausgabe von Lauris in der Zentralen Arztbriefablage, die typischerweise so aussieht:
[20.06.2015 16:46:00]
Klinische Chemie: Natrium: 139 [135 - 145] mmol/l; Kalium: 5.2 [3.5 - 5] mmol/l; Calcium:
2.4 [2.0 - 2.7] mmol/l; anorg. Phosphat: 0.58 [0.87 - 1.45] mmol/l;
Calcium-Phosphat-Produkt: 1.39 [<= 4.4] mmol²/l²; Glucose: 112 [74 - 106] mg/dl;
glomerul. Filtrationsr. CKD-EP: 42 ml/min /1,73qm; glomerul. Filtrationsr. (MDRD): 42
ml/min /1,73qm; Creatinin: 1.84 [0 - 1.17] mg/dl; Harnstoff: 54.3 [10 - 50] mg/dl;
Harnsäure: 4.6 [3.4 - 7] mg/dl; Gesamt-Bilirubin: 0.7 [0.1 - 1.2] mg/dl; GOT (ASAT):
303.0 [<= 50] U/l; GPT (ALAT): 508.0 [<= 50] U/l; GGT: 489.0 [<= 60] U/l; Alk.
Phosphatase: 56 [40 - 130] U/l; Lactat Dehydrogenase: 320 [<= 250] U/l; CK gesamt: 52 [<=
190] U/l; Amylase: 62 [<= 110] U/l; Cholesterin: 120 [130 - 220] mg/dl; Triglyceride: 94
[74 - 172] mg/dl; LDL - Cholesterin: 56 [0 - 150] mg/dl; HDL - Cholesterin: 45 [>= 35]
mg/dl; Eisen: 215 [59 - 158] µg/dl; Gesamt-Eiweiss: 5.7 [6.6 - 8.7] g/dl; Albumin: 4.0
[3.5 - 5.5] g/dl;
Gerinnung: Niedermol. Heparin (Anti-Xa): 0.99 U/ml;
Und so weiter, es gibt noch mehr Variationen.
Quellcode
zaaReloaded2 ist in C# mit VSTO geschrieben, unter Zuhilfenahme von Visual Studio Professional 2013. Der Quellcode liegt in einem öffentlich zugänglichen Git-Repository:
Clonen:
git clone http://git.bovender.de/zaaReloaded2.git
Schreibzugriff auf git.bovender.de gibt es nur per SSH...
Die Visual-Studio-Lösung läßt sich direkt nach dem Clonen nicht bauen,
weil die Strong-Key-Datei ./zaaReloaded2/zaaReloaded2.pfx
nur ein
symbolischer Link ist auf eine Datei außerhalb des Repositoriums, damit
der Schüssel nicht öffentlich preisgegeben wird. Also einfach selber
eine PFX-Datei generieren, oder in den Projekteinstellungen das
Signieren ausschalten.
Programmteile
Im Sinne einer separation of concerns ist die Programmlogik in folgende Teile aufgeteilt:
- Labor-Modell: Im Namensraum
zaaReloaded2.LabModel
sind Klassen gruppiert, die einen Laborwert abbilden (zaaReloaded2.LabModel.LabItem
), die die Laborwerte eines Auftrags (der zu einem bestimmten Zeitpunkt eingelesen wurde) sammeln (zaaReloaded2.LabModel.TimePoint
), und schließlich eine KlassezaaReloaded2.LabModel.Laboratory
, die die Aufträge (TimePoint
s) sammelt. Jeder Laborwert kann mit Hilfe eines Wörterbuchs (s.u.) einen kanonischen Namen erhalten (z.B. "Na" für "Natrium"), über den dieser Wert dann angesprochen wird. Die einzelnen Aufträge/Zeitpunkte werden überDateTime
-Strukturen angesprochen. - Import: Im Namensraum
zaaReloaded2.Importer
befindet sich eine Interface-Definition (zaaReloaded2.Importer.IImporter
), die zentrale Eigenschaften von Importer-Klassen definiert. Der NamensraumzaaReloaded2.Importer.ZaaImporter
enthält Klassen, die den Import einer Lauris-Ausgabe aus einem ZAA-Arztbrief erledigen. - Formatierung und Ausgabe: Der Namensraum
zaaReloaded2.Formatter
versammelt Klassen, die vom Benutzer eingegebene Steuerbefehle auswerten und die Formatierung der Laborwerte erledigen. Durch die Verwendung von Steuerbefehlen können leicht verschiedene Ausgabeformate erstellt werden, z.B. eines für die Station und eines für die Ambulanz. Zur Formatierung und Ausgabe existieren verschiedene Klassen, die die Klassen des Labor-Modells (zaaReloaded2.LabModel
) umschließen und um entsprechende Funktionalitäten erweitern. - Kontrolle der Formatierung: Der Namensraum
zaaReloaded2.Controller
umfaßt Klassen, mit denen einzaaReloaded2.Formatter.Formatter
gesteuert werden kann. Diese Klassen spielen eine große Rolle bei den benutzerdefinierten Anpassungen von Stilen.
Parsen der Lauris-Ausgabe
Die Lauris-Ausgabe wird in folgende Einheiten aufgetrennt:
- Datumsblöcke: Die Klasse
zaaReloaded2.Models.TimePoint
enthält alles, was unterhalb der Datumszeile[20.06.2015 16:46:00]
steht. - Kategorieblöcke: Die Klasse
zaaReloaded2.Models.LaurisParagraph
analysiert einen ganzen Laborblock wie z.B.Klinische Chemie
oderGerinnung
und trennt ihn anhand der Semikolons, um daraus eine Sammlung vonLabItems
zu bilden. - Parameter: Die Klasse
zaaReloaded2.Models.LabItem
analysiert einen einzelnen Parameter-String der FormNatrium: 138 [135 - 145] mmol/l
usw. und stellt die einzelnen Bestandteile in strukturierter Form zur Verfügung.
Kanonische Namen, Materialarten, Thesauri
Die Bezeichnungen für einzelne Parameter und Einheiten sind bei Lauris
teilweise etwas unglücklich. Beispielsweise wird glomerul. Filtrationsr. CKD-EP
wohl kaum im klinischen Alltag verwendet, und auch
Lactat Dehydrogenase
ist etwas ungewöhnlich, weil alle immer LDH
sagen und schreiben. Die Einheit ml/min /1,73qm
enthält ein
Leerzeichen zuviel und das veraltete "qm" und sollte besser ml/min/1,73 m²
geschrieben werden.
Aus diesem Grunde werden anpassbare Thesauri verwendet, die Parameternamen in "kanonische" (CanonicalName) und Lauris-Einheiten in wirklichkeitsnähere, typographisch korrekte Einheiten übersetzen:
zaaReloaded2.Thesaurus.Parameters
zaaReloaded2.Thesaurus.Units
Beide Thesaurus-Typen laden zunächst eingebaute Default-Werte aus der Assembly und suchen dann nach Anpassungen auf Benutzerebene.
Material
Im Thesaurus Parameters
wird für jeden Parameter neben dem Kanonischen
Namen auch hinterlegt, aus welchem Material er bestimmt wird. Beim
Parsen der Lauris-Ausgabe wird festgelegt, um welches Material es sich
handelt. Auf diese Weise wird ermöglicht, bei der späteren Ausgabe mit
einfacher Notation z.B. zwischen Serum-Natrium (S-Na
) und
Urin-Natrium (U-Na
) bzw. Sammelurin-Natrium (SU-Na
) zu
unterscheiden.
Die Materialien sind in der Enumeration zaaReloaded2.Models.Materials
definiert.
Textdateien zur Konfiguration
Um Anpassungen zu erleichtern und nicht jedes Mal eine neue Version der Binärdateien zu erfordern, werden für die Thesauri einfache Textdateien verwendet.
- Datensätze in Zeilen
- Felder in durch Leerzeichen getrennten Zeilen
- Leerzeichen in Werten erfordern Anführungstriche (Bsp. s.u.)
- Drei Trennstriche
---
markieren ein leeres Feld. - Alles nach einer Raute
#
wird ignoriert - Leere Zeilen werden ignoriert
Parameters
Der Thesaurus Parameters
wird aus einer Textdatei folgenden Formats
generiert:
# LAURIS-NAME "KANONISCHER NAME" MATERIAL "IMMER REFERENZBEREICH"
"Lactat Dehydrogenase" LDH S
"Cystatin C" --- S X
"glomerul. Filtrationsr. CKD-EP" "eGFR (CKD-EPI)" S
Das Feld MATERIAL
muß ein Material-Kürzel enthalten (zu Materialien
siehe oben). Die Material-Kürzel sind fest einprogrammiert (s.o.). Wenn
kein Material angegeben ist (in der Spalte also gar nichts steht oder
---
), wird Serum angenommen, weil das das häufigste ist.
Wenn IMMER REFERENZBEREICH
leer ist, wird "nein" angenommen. Alles
andere wie z.B. X
bedeutet "ja".
Die drei Trennstriche ---
in der Zeile "Cystacin C" bedeuten, daß
zaaReloaded2 den Lauris-Namen als kanonischen Namen verwenden soll.
Units
Der Thesaurus Units
wird aus einer Textdatei folgenden Formats
generiert:
# LAURIS-EINHEIT "KANONISCHE EINHEIT"
ml/min /1,73qm ml/min/1,73 m²
Wenn eine Lauris-Einheit nicht in dieser Tabelle enthalten ist, wird sie so, wie sie ist, für die Ausgabe von zaaReloaded2 verwendet.
Referenzbereiche
Wenn bei jedem Laborparameter die Referenzbereiche angegeben werden, wird die Ausgabe unübersichtlich -- siehe Lauris. Viele Laborparameter haben Standard-Referenzbereiche, die sich zwischen den Laboren nicht oder nur geringfügig unterscheiden (bspw. Hämoglobin).
zaaReloaded2 kann so konfiguriert werden, daß Referenzbereiche entweder nie, nur bei gesondert markierten Parametern, bei gesondert markierten oder nicht-normalen Parametern oder immer mit ausgegeben werden:
- nie
- besondere Parameter (z.B. Cystatin C, wo viele den Referenzbereich nicht kennen dürften)
- besondere Parameter + nicht-normale Parameter
- immer
Die Markierung besonderer Parameter erfolgt in der Textdatei, aus der
das zaaReloaded2.Thesaurus.Parameters
generiert wird (s.o.).
User Interface
Das User Interface wurde mit der Windows Presentation Foundation nach dem MVVM-Muster implementiert. Dabei wurde auf das Hilfs-Framework Bovender zurückgegriffen.
Updates
Das Add-in sucht täglich nach einem Update; dabei wird die Datei http://zaa.nephrowiki.de/versioninfo.txt heruntergeladen. Updates werden automatisch im Hintergrund geladen und beim Schließen von Word (bzw. der Zentralen Arztbriefablage) installiert und stehen dann beim nächsten Starten der Anwendung zur Verfügung.
Serialisierung
Um das Stil-Repositorium (zaaReloaded2.Controller.SettingsRepository
)
in den Assembly-Properties speichern zu können und für den Im- und
Export von Stilen werden die in .NET eingebauten
Serialisierungs-Strukturen genutzt. Weil es mit der Verwendung eines
XmlSerializer
s Probleme gab, weil der XmlSerializer
nicht mit
Interface-Eigenschaften umgehen kann, wurde zunächst für alle Klassen,
die serialisiert werden müssen (SettingsRepository
,
zaaReloaded2.Controller.Settings
und die von
zaaReloaded2.Controller.Elements.ElementBase
abgeleiteten Klassen) das
Interface ISerializable
implementiert. Das hat aber auch nicht dazu
geführt, daß der XmlSerializer
die Klassen serialisierte, so daß
jetzt der SoapFormatter
verwendet wird. Der stört sich nicht an
Interface-Eigenschaften und produziert auch XML, wenngleich im etwas
komplizierten SOAP-Format.
Um das SettingsRepository
in den Assembly-Properties zu persistieren,
muß das serialisierte XML noch in einen Base64-kodierten String
umgewandelt werden, damit das SOAP-XML nicht mit dem XML der
Assembly-Properties ins Gehege kommt (siehe
zaaReloaded2.Controller.SettingsRepository.Load()
und
zaaReloaded2.Controller.SettingsRepository.Store()
).