zaaReloaded2/README.md

Technische Informationen

Das Addin dient zur Umformatierung von Laborwerten in Arztbriefen. Es analysiert die Ausgabe von Lauris in der Zentralen Arztbriefablage, die typischerweise so aussieht:

[20.06.2015 16:46:00]
Klinische Chemie: Natrium: 139 [135 - 145] mmol/l;  Kalium: 5.2 [3.5 - 5] mmol/l;  Calcium:
    2.4 [2.0 - 2.7] mmol/l;  anorg. Phosphat: 0.58 [0.87 - 1.45] mmol/l;
     Calcium-Phosphat-Produkt: 1.39 [<= 4.4] mmol²/l²;  Glucose: 112 [74 - 106] mg/dl;
     glomerul. Filtrationsr. CKD-EP: 42 ml/min /1,73qm;  glomerul. Filtrationsr. (MDRD): 42
    ml/min /1,73qm;  Creatinin: 1.84 [0 - 1.17] mg/dl;  Harnstoff: 54.3 [10 - 50] mg/dl;
     Harnsäure: 4.6 [3.4 - 7] mg/dl;  Gesamt-Bilirubin: 0.7 [0.1 - 1.2] mg/dl;  GOT (ASAT):
    303.0 [<= 50] U/l;  GPT (ALAT): 508.0 [<= 50] U/l;  GGT: 489.0 [<= 60] U/l;  Alk.
    Phosphatase: 56 [40 - 130] U/l;  Lactat Dehydrogenase: 320 [<= 250] U/l;  CK gesamt: 52 [<=
    190] U/l;  Amylase: 62 [<= 110] U/l;  Cholesterin: 120 [130 - 220] mg/dl;  Triglyceride: 94
    [74 - 172] mg/dl;  LDL - Cholesterin: 56 [0 - 150] mg/dl;  HDL - Cholesterin: 45 [>= 35]
    mg/dl;  Eisen: 215 [59 - 158] µg/dl;  Gesamt-Eiweiss: 5.7 [6.6 - 8.7] g/dl;  Albumin: 4.0
    [3.5 - 5.5] g/dl;
Gerinnung: Niedermol. Heparin (Anti-Xa): 0.99 U/ml;

Und so weiter, es gibt noch mehr Variationen.

Quellcode

zaaReloaded2 ist in C# mit VSTO geschrieben, unter Zuhilfenahme von Visual Studio Professional 2013. Der Quellcode liegt in einem öffentlich zugänglichen Git-Repository:

http://git.bovender.de

Clonen:

git clone http://git.bovender.de/zaaReloaded2.git

Schreibzugriff auf git.bovender.de gibt es nur per SSH...

Die Visual-Studio-Lösung läßt sich direkt nach dem Clonen nicht bauen, weil die Strong-Key-Datei ./zaaReloaded2/zaaReloaded2.pfx nur ein symbolischer Link ist auf eine Datei außerhalb des Repositoriums, damit der Schüssel nicht öffentlich preisgegeben wird. Also einfach selber eine PFX-Datei generieren, oder in den Projekteinstellungen das Signieren ausschalten.

Programmteile

Im Sinne einer separation of concerns ist die Programmlogik in folgende Teile aufgeteilt:

• Labor-Modell: Im Namensraum zaaReloaded2.LabModel sind Klassen gruppiert, die einen Laborwert abbilden (zaaReloaded2.LabModel.LabItem), die die Laborwerte eines Auftrags (der zu einem bestimmten Zeitpunkt eingelesen wurde) sammeln (zaaReloaded2.LabModel.TimePoint), und schließlich eine Klasse zaaReloaded2.LabModel.Laboratory, die die Aufträge (TimePoints) sammelt. Jeder Laborwert kann mit Hilfe eines Wörterbuchs (s.u.) einen kanonischen Namen erhalten (z.B. "Na" für "Natrium"), über den dieser Wert dann angesprochen wird. Die einzelnen Aufträge/Zeitpunkte werden über DateTime-Strukturen angesprochen.
• Import: Im Namensraum zaaReloaded2.Importer befindet sich eine Interface-Definition (zaaReloaded2.Importer.IImporter), die zentrale Eigenschaften von Importer-Klassen definiert. Der Namensraum zaaReloaded2.Importer.ZaaImporter enthält Klassen, die den Import einer Lauris-Ausgabe aus einem ZAA-Arztbrief erledigen.
• Formatierung und Ausgabe: Der Namensraum zaaReloaded2.Formatter versammelt Klassen, die vom Benutzer eingegebene Steuerbefehle auswerten und die Formatierung der Laborwerte erledigen. Durch die Verwendung von Steuerbefehlen können leicht verschiedene Ausgabeformate erstellt werden, z.B. eines für die Station und eines für die Ambulanz. Zur Formatierung und Ausgabe existieren verschiedene Klassen, die die Klassen des Labor-Modells (zaaReloaded2.LabModel) umschließen und um entsprechende Funktionalitäten erweitern.
• Kontrolle der Formatierung: Der Namensraum zaaReloaded2.Controller umfaßt Klassen, mit denen ein zaaReloaded2.Formatter.Formatter gesteuert werden kann. Diese Klassen spielen eine große Rolle bei den benutzerdefinierten Anpassungen von Stilen.

Parsen der Lauris-Ausgabe

Die Lauris-Ausgabe wird in folgende Einheiten aufgetrennt:

• Datumsblöcke: Die Klasse zaaReloaded2.Models.TimePoint enthält alles, was unterhalb der Datumszeile [20.06.2015 16:46:00] steht.
• Kategorieblöcke: Die Klasse zaaReloaded2.Models.LaurisParagraph analysiert einen ganzen Laborblock wie z.B. Klinische Chemie oder Gerinnung und trennt ihn anhand der Semikolons, um daraus eine Sammlung von LabItems zu bilden.
• Parameter: Die Klasse zaaReloaded2.Models.LabItem analysiert einen einzelnen Parameter-String der Form Natrium: 138 [135 - 145] mmol/l usw. und stellt die einzelnen Bestandteile in strukturierter Form zur Verfügung.

Kanonische Namen, Materialarten, Thesauri

Die Bezeichnungen für einzelne Parameter und Einheiten sind bei Lauris teilweise etwas unglücklich. Beispielsweise wird glomerul. Filtrationsr. CKD-EP wohl kaum im klinischen Alltag verwendet, und auch Lactat Dehydrogenase ist etwas ungewöhnlich, weil alle immer LDH sagen und schreiben. Die Einheit ml/min /1,73qm enthält ein Leerzeichen zuviel und das veraltete "qm" und sollte besser ml/min/1,73 m² geschrieben werden.

Aus diesem Grunde werden anpassbare Thesauri verwendet, die Parameternamen in "kanonische" (CanonicalName) und Lauris-Einheiten in wirklichkeitsnähere, typographisch korrekte Einheiten übersetzen:

• zaaReloaded2.Thesaurus.Parameters
• zaaReloaded2.Thesaurus.Units

Beide Thesaurus-Typen laden zunächst eingebaute Default-Werte aus der Assembly und suchen dann nach Anpassungen auf Benutzerebene.

Material

Im Thesaurus Parameters wird für jeden Parameter neben dem Kanonischen Namen auch hinterlegt, aus welchem Material er bestimmt wird. Beim Parsen der Lauris-Ausgabe wird festgelegt, um welches Material es sich handelt. Auf diese Weise wird ermöglicht, bei der späteren Ausgabe mit einfacher Notation z.B. zwischen Serum-Natrium (S-Na) und Urin-Natrium (U-Na) bzw. Sammelurin-Natrium (SU-Na) zu unterscheiden.

Die Materialien sind in der Enumeration zaaReloaded2.Models.Materials definiert.

Textdateien zur Konfiguration

Um Anpassungen zu erleichtern und nicht jedes Mal eine neue Version der Binärdateien zu erfordern, werden für die Thesauri einfache Textdateien verwendet.

• Datensätze in Zeilen
• Felder in durch Leerzeichen getrennten Zeilen
• Leerzeichen in Werten erfordern Anführungstriche (Bsp. s.u.)
• Drei Trennstriche --- markieren ein leeres Feld.
• Alles nach einer Raute # wird ignoriert
• Leere Zeilen werden ignoriert

Parameters

Der Thesaurus Parameters wird aus einer Textdatei folgenden Formats generiert:

# LAURIS-NAME                      "KANONISCHER NAME"   MATERIAL   "IMMER REFERENZBEREICH"
"Lactat Dehydrogenase"             LDH                  S
"Cystatin C"                       ---                  S           X
"glomerul.  Filtrationsr. CKD-EP"  "eGFR (CKD-EPI)"     S

Das Feld MATERIAL muß ein Material-Kürzel enthalten (zu Materialien siehe oben). Die Material-Kürzel sind fest einprogrammiert (s.o.). Wenn kein Material angegeben ist (in der Spalte also gar nichts steht oder ---), wird Serum angenommen, weil das das häufigste ist.

Wenn IMMER REFERENZBEREICH leer ist, wird "nein" angenommen. Alles andere wie z.B. X bedeutet "ja".

Die drei Trennstriche --- in der Zeile "Cystacin C" bedeuten, daß zaaReloaded2 den Lauris-Namen als kanonischen Namen verwenden soll.

Units

Der Thesaurus Units wird aus einer Textdatei folgenden Formats generiert:

# LAURIS-EINHEIT   "KANONISCHE EINHEIT"
ml/min /1,73qm     ml/min/1,73 m²

Wenn eine Lauris-Einheit nicht in dieser Tabelle enthalten ist, wird sie so, wie sie ist, für die Ausgabe von zaaReloaded2 verwendet.

Referenzbereiche

Wenn bei jedem Laborparameter die Referenzbereiche angegeben werden, wird die Ausgabe unübersichtlich -- siehe Lauris. Viele Laborparameter haben Standard-Referenzbereiche, die sich zwischen den Laboren nicht oder nur geringfügig unterscheiden (bspw. Hämoglobin).

zaaReloaded2 kann so konfiguriert werden, daß Referenzbereiche entweder nie, nur bei gesondert markierten Parametern, bei gesondert markierten oder nicht-normalen Parametern oder immer mit ausgegeben werden:

• nie
• besondere Parameter (z.B. Cystatin C, wo viele den Referenzbereich nicht kennen dürften)
• besondere Parameter + nicht-normale Parameter
• immer

Die Markierung besonderer Parameter erfolgt in der Textdatei, aus der das zaaReloaded2.Thesaurus.Parameters generiert wird (s.o.).

User Interface

Das User Interface wurde mit der Windows Presentation Foundation nach dem MVVM-Muster implementiert. Dabei wurde auf das Hilfs-Framework Bovender zurückgegriffen.

Updates

Das Add-in sucht täglich nach einem Update; dabei wird die Datei http://zaa.nephrowiki.de/versioninfo.txt heruntergeladen. Updates werden automatisch im Hintergrund geladen und beim Schließen von Word (bzw. der Zentralen Arztbriefablage) installiert und stehen dann beim nächsten Starten der Anwendung zur Verfügung.

Serialisierung

Um das Stil-Repositorium (zaaReloaded2.Controller.SettingsRepository) in den Assembly-Properties speichern zu können und für den Im- und Export von Stilen werden die in .NET eingebauten Serialisierungs-Strukturen genutzt. Weil es mit der Verwendung eines XmlSerializers Probleme gab, weil der XmlSerializer nicht mit Interface-Eigenschaften umgehen kann, wurde zunächst für alle Klassen, die serialisiert werden müssen (SettingsRepository, zaaReloaded2.Controller.Settings und die von zaaReloaded2.Controller.Elements.ElementBase abgeleiteten Klassen) das Interface ISerializable implementiert. Das hat aber auch nicht dazu geführt, daß der XmlSerializer die Klassen serialisierte, so daß jetzt der SoapFormatter verwendet wird. Der stört sich nicht an Interface-Eigenschaften und produziert auch XML, wenngleich im etwas komplizierten SOAP-Format.

Um das SettingsRepository in den Assembly-Properties zu persistieren, muß das serialisierte XML noch in einen Base64-kodierten String umgewandelt werden, damit das SOAP-XML nicht mit dem XML der Assembly-Properties ins Gehege kommt (siehe zaaReloaded2.Controller.SettingsRepository.Load() und zaaReloaded2.Controller.SettingsRepository.Store()).